1996年，获得全国首批一级学科博士学位授予权。
1996年12月，电力工程系与动力工程系合并组建能源工程学院。
1996年，教育部批准我校建设国家工科电工电子基础课程教学基地（全国共八个），学校将1979年调入机械系的电工电子学教研室的“电工学”部分调回电力系，合并到电工基础教研室，成立了国家工科电工电子教学基地（电工部分）。调入的教师有周鑫霞（主任）、徐安静、周永萱、李承、王紫薇、袁芳、张鄂亮、林红等。
2006年12月14日，电力系1995级学生会开展“手拉手”助学活动，在大悟县东新乡建立贫困助学基地。
1997年1月，能源科学与工程学院设立实体（1997.01-1982.02），成立能源科学与工程学院党总支，撤销电力工程系、电力工程系党总支、动力工程系、动力工程系党总支。郑楚光任院长（1996-1997），尹项根任党总支书记（1996-1997）。
1997年，电力系张勇传教授当选为中国工程院院士。
1998年2月，能源学院成立电力工程系和动力工程系。张勇传任能源学院院长，黄素逸、程时杰、尹项根、刘伟任副院长。撤销能源学院党总支，成立电力工程系党总支和动力系党总支，张国德任电力工程系党总支书记（1998-2006）。尹项根任电力工程系主任（1998.02-2000.12），周海云任电力工程系常务副主任，邹积岩、孙亲锡、辜承林任副主任。
1998年3月，重新组建电力工程系，原电力工程系的水电机械专业并入能源与动力工程学院，并以原电力工程系的水电站自动化专业为基础，成立了水电及数字化工程学院。
1998年9月，潘垣院士调入华中理工大学电力工程系工作。
1998年12月，应用电子技术专业由交通学院划并入电力工程系。
1998年，学院成立研究生工作组。
1999年5月，华中理工大学成立超导电力研究与发展中心，校办[1999]37号，主任程时杰，副主任段献忠、袁松柳、唐跃进、韩启业；顾问小组组长潘垣，副组长张勇传、姚宗干、何仰赞，成员陈坚、王慧龄、李朗如、叶妙元。
1999年9月，华中理工大学成立脉冲技术研究与发展中心，校办[1999]58号，主任李劲，副主任刘克富、林福昌；顾问小组组长姚宗干，成员潘垣、李朗如、陈坚。
1999年，“强功率交、直流电能在线综合测试技术”获得国家科技进步二等奖。
2000年3月，电力工程系各教职工党支部换届（党支部书记）：电工教学基地党支部（李承），电机教研室党支部（于克训），高压教研室（张丹丹），系机关党支部（尹小玲），应电教研室（段善旭），电磁测量技术及仪器教研室党支部（翁良科）
2000年12月，电力工程系更名为电气与电子工程学院。
2000年，调入机械系的电工学教研室（1997年）调回电力系，但部分骨干青年教师留在机械系开展数控系统筹科研工作。
2000年，“WBZ－500型微机变压器保护装置”获得国家科技进步二等奖。
2000年，开始向本科生一年级派出教师班主任。
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